Тропический пассатный с довольно резкими различиями в количестве осадков на наветренных (северных и восточных) и подветренных склонах гор.
Сезонные изменения температуры невелики. Прикарибское побережье и другие районы до высоты 800 м. принадлежат к жаркой зоне ("тьерра кальенте"). Но основная часть страны лежит в умеренно–жаркой зоне ("тьерра темплада"). Внутренние территории страны и юг — менее влажные, Тихоокеанское побережье имеет относительно сухой климат, особенно в период между ноябрем и апрелем (дождливый сезон обычно начинается в мае и длится до октября), но на Карибском побережье дождь идет практически круглый год.
Наиболее влажные месяцы на Карибском побережье - с сентября (октября) до января (февраля). Среднемесячные температуры на низменностях от +22 С до +26 С, на нагорьях от +10 С до +22 С. Осадков выпадает до 3000 мм. в год. Туристический сезон на Карибском побережье длится с февраля по апрель. Часты разрушительные тропические ураганы.
Столица отличается и достаточно свежим и приятным климатом, что обьясняется великолепными сосновыми лесами на окружающих её горах и постоянным притоком чистого горного воздуха.